子午工程由我国科学家在1993年创新性地提出，是我国空间天气领域的国家重大科技基础设施。中国科学院国家空间科学中心为项目的法人单位，来自中国科学院、教育部、中国气象局、工业和信息化部、中国地震局、自然资源部等8个部委的15家单位参加建设。2006年，国家发改委正式批复子午工程并明确采取分步走的发展战略。
子午工程一期于2008年开工建设，2012年建成。工程沿东经120°、北纬30°布局15个综合性台站，形成“东半球空间环境地基综合监测子午链”。一期工程以链为主、链网结合，主要覆盖我国东部地区。工程综合运用地磁（电）、无线电、光学和探空火箭等多种监测手段，可连续监测地球表面20~30公里以上到几百公里的中高层大气、电离层和磁层，以及十几个地球半径以外的行星际空间环境中的磁场、电场、大气风速、密度、温度、成分、太阳风速度等空间环境参数。连续运行8年多以来，汇集科学数据达1500多万个，为来自国内外的数千名用户提供服务；科学团队在GRL、JGR等著名期刊上发表论文300余篇，获得专利授权60多项，出版著作3部，获国家及省部级奖项九项。
子午工程一期
子午工程二期于2019年开工建设，在一期工程的基础上，新增16个台站，形成沿东经100°、120°、北纬40°、30°“井”字型布局的31个台站、近300台（套）监测设备组成的空间环境监测网络。工程由空间环境监测系统、数据通信系统和科学应用系统组成。
空间环境监测系统采用地磁、无线电、光学等手段，对我国上空的电离层、中高层大气、地磁形成网络化的监测能力（“三网”）；在极区高纬、北方中纬、海南（南方）低纬、青藏高原4个重点区域建设国际先进的大型监测设备，开展对空间环境的精细“显微”探测（“四聚焦”）；建设一系列先进的太阳-行星际监测设备，形成对日地空间全链条的监测能力（“一链”）。“一链、三网、四聚焦”的架构首次从地面实现对日地空间环境全圈层、多要素综合的立体式探测。
子午工程二期
